In genere la biofiltrazione si impiega con i flussi d'aria che contengono una concentrazione di inquinanti relativamente bassa, di solito inferiore a 1000 ppm, e la maggior parte delle applicazioni trattano flussi con una concentrazione variabile tra 5 e 500 ppm. L'efficienza di abbattimento dei composti organici volatili supera spesso il 95% e per questo motivo i biofiltri vengono utilizzati per eliminare un'ampia varietą di inquinanti organici spesso caratterizzati dall'avere un odore insopportabile. Gli alcoli, gli eteri, le aldeidi e i chetoni si biodegradano velocemente, gli alcani impiegano pił tempo, mentre i composti aromatici necessitano di un tempo di ossidazione ancora maggiore.
